القواعد التنفيذية للمادة الحادية والأربعين:
1-  توزِّع مجالس الأقسام مهمة الإرشاد العلمي للطلاب المستجدين على أعضاء هيئة التدريس، خلال مدة لا تتجاوز أربعة أسابيع من بدء الدراسة، وتزوّد عمادة الدراسات العليا بصورة منه.
2-  يتولَّى المرشد العلمي توجيه الطالب في إعداد جدوله الدراسي ومتابعة خطوات تسجيل موضوع الرسالة، أو المشروع البحثي.
3-  يقدِّم المرشد العلمي إلى رئيس القسم المختص، تقريراً مفصلاً عن سير الطالب في نهاية كل فصل دراسي، ترسَل صورة منه إلى وكيل عمادة الدراسات العليا.
4-  يفضل أن يكون المرشد العلمي، هو المشرف على رسالة الطالب بعد تسجيلها ما لم يتعارض ذلك مع تخصصه، ومع ما جاء في المادتين (45، 48) من هذه اللائحة.

القواعد التنفيذية للمادة الثالثة والأربعين:

1-  يقبَل تحقيق الكتب التراثية ذات القيمة العلمية في مجال التخصص موضوعاً للرسالة، مع التقديم لها بدراسة جادة في كلٍّ مِن مرحلتي: (الماجستير أو الدكتوراه).
2-  يراعى عند إقرار الموضوعات ألاَّ يزيد حجم الرسالة بعد كتابتها عن ثلاثمائة وخمسين صفحة (350) للدكتوراه، ومائتي صفحة (200) للماجستير ( عدا الملحقات )، ولا يستثنى من ذلك إلا الرسائل ذات الطبيعة الخاصة مثل تحقيق المخطوطات. 

القواعد التنفيذية للمادة الرابعة والأربعين:
1- البرنامج المقترح، الذي يستدعي تخصصه كتابة الرسائل العلمية فيه بلغة غير العربية، يُنَصُّ فيه على ذلك.
2- إذا لم يُنَصّ في أصل البرنامج على كتابة الرسائل العلمية فيه بغير العربية، واقتضت المصلحة كتابة رسالة في موضوع معين بلغة أخرى فإنَّ المشرف يقترح ذلك على القسم المختص، ثم تُستكمل إجراءات الموافقة كما في أصل المادة.
3-  إذا كُتبت الرسالة بلغة بغير اللغة العربية، فإنَّها لا تُعْفى مِن اتّباع "دليل كتابة الرسائل العلمية" بجامعة طيبة، المعد من قبل عمادة الدراسات العليا. 

القاعدة التنفيذية للمادة الخامسة والأربعين:
في حال اقتراح مشرف من خارج القسم داخل الجامعة، يجب أن يكون ذلك مبرَّراً، ويكون بناءً على موافقة مجلسي القسمين. 

القاعدة التنفيذية للمادة السادسة والأربعين:
تُذكر المسوغات العلمية الكافية في حال اقتراح مجلس القسم مشرفاً من غير أعضاء هيئة التدريس بالجامعة. 

القواعد التنفيذية للمادة السابعة والأربعين:
1- يَقْترِح مرشِدُ الطالب، أو مشرفُه المشرفَ المساعدَ إذا اقتضت طبيعة موضوع الرسالة ذلك.
2- إذا كان المشرف المساعد المقترَح من خارج القسم ومن داخل الجامعة فيكمّل الآتي:

أ. يتم التنسيق بين القسم الذي يدرس فيه الطالب، والقسم الذي ينتمي إليه المشرف المساعد.
ب‌. في حال موافقة مجلس القسم الذي ينتمي إليه المشرف المساعد تستكمل الإجراءات وفق ما جاء في المادة (42)من هذه اللائحة.

3- إذا كان المشرف المساعد المقترح من خارج الجامعة، فيُكمَّل الآتي:

أ - يتم التنسيق بين القسم والجهة التي ينتمي إليها المشرف المساعد.
ب- في حال موافقة جهة المرشَّح تُستكمل الإجراءات وفق المادتين (42،46) من اللائحة.

 القواعد التنفيذية للمادة الثامنة والأربعين:
1- يتم الإشراف على الرسائل من المشرف المنفرد، أو المشرف الرئيس في المكان المعدّ لذلك، ساعة في كل أسبوع.
2- تنتهي فترة الإشراف بأحد أمرين:

أ‌- تقديم المشرف تقريراً عن اكتمال الرسالة إلى رئيس القسم.
ب‌- انتهاء مدة الطالب وفقاً للمادتين (29-36) من هذه اللائحة.

 القاعدة التنفيذية للمادة الخمسين:
يفضل أن يقوم الطالب بعمل حلقة نقاش في نهاية كل فصل دراسي يحضره أعضاء القسم والمهتمون، يعرض فيه ما توصل إليه من نتائج في دراسته، كما يقوم الطالب بعمل حلقة نقاش نهائية قبل تقديم الرسالة للمناقشة.

 القواعد التنفيذية للمادة الحادية والخمسين:
1- يُعدُّ تقديم التقرير النهائي من المشرف إلى رئيس القسم، إيذاناً بأنّ الرسالة مكتملة في صورتها النهائية.
2- يُعرض الموضوع على مجلس القسم، لتكوين لجنة الحكم على الرسالة.
3- تُحاط عمادة الدراسات العليا علماً بقرار مجلس القسم.
4- يثبت على غلاف الرسالة، وفي المحاضر المتعلقة بإجازتها ومناقشتها اسم المشرف الذي قَدَّم التقرير النهائي عنها، ولا عبرة لتغييره بعد ذلك لأي طارئ.
5- يقدِّم المرشد العلمي – إذا كانت الدراسة للماجستير بالمقررات الدراسية – تقريراً إلى رئيس القسم عن انتهاء الطالب من متطلبات برنامجه، مرفقاً به المشروع البحثي والدرجة المعتمدة له، تمهيداً لاستكمال إجراءات منح الدرجة العلمية. 

القواعد التنفيذية للمادة الثانية والخمسين:

1- يتم إنذار الطالب في الحالات التالية:

أ-إذا زادت نسبة غيابه عن (25%) من مجموع ساعات الإشراف المحددة في كل فصل دراسي.
ب- إذا لم يستجب لتوجيهات المشرف العلمية.
ج – إذا لم يتمكن من الكتابة التي تتناسب مع المرحلة التي يدرس بها.

2- يتولى رئيس القسم المختص إنذار الطالب بخطاب سري بناء على تقرير من المشرف، ويُحفظ التقرير في ملف الطالب، وتُزوَّد عمادة الدراسات العليا بصورة سرية منه.
3- يتم عرض الأمر على مجلس القسم، إذا لم يتجاوب الطالب بعد إنذاره مرتين في فصلين دراسيين مختلفين، وكان سبب الإنذار واحداً.
4- تُرفع توصية مجلس القسم إلى مجلس عمادة الدراسات العليا لاتخاذ القرار المناسب في ضوء أحكام اللائحة. 

القواعد التنفيذية للمادة الرابعة والخمسين:
1- يُشترط لتكوين لجنة المناقشة، اجتياز طالب الماجستير إذا اقتضى برنامج دراسته ذلك، وطالب الدكتوراه الاختبار الشامل.
2- يقترح مجلس القسم المختص أعضاء لجنة المناقشة، وله أن يقترح عضواً أو عضوين احتياطاً.
3- يوصي مجلس الكلية بتكوين اللجنة في ضوء ما يَرِدُه من القسم، وإذا رأى تغيير أعضاء اللجنة كلهم أو بعضهم، فَيُعاد الموضوع إلى مجلس القسم.
4- تُرفع توصية مجلس الكلية إلى مجلس عمادة الدراسات العليا؛ وإذا رأى تغيير أعضاء اللجنة كلهم أو بعضهم، فيتم التنسيق مع القسم المعني.
5- لا يتم إبلاغ أعضاء لجنة المناقشة، إلاَّ بعد مصادقة مدير الجامعة على قرار مجلس عمادة الدراسات العليا. 

القواعد التنفيذية للمادة الخامسة والخمسين:
يُراعى في المناقشة وأعضائها الآتي:
1-ألاَّ يكون قد أُسنِد إلى العضو المقترح رسالتان لم يتم مناقشة إحداهما.
2-يفضَّل أن يكون أحد أعضاء لجنة المناقشة من خارج القسم العلمي.
3- عند مناقشة الرسالة، يكون للمشرف أو المشرفين، والمشرف المساعد أو المشرفين المساعدين – إن وجدوا-صوت واحد.

القواعد التنفيذية للمادة السادسة والخمسين:
يُراعى في المناقشة وأعضائها الآتي:
  1-ألاَّ يكون قد أسند إلى العضو المقترح رسالتان لم يتم مناقشة إحداهما.
2- عند مناقشة الرسالة، يكون للمشرف، والمشرف المساعد أو المشرفين المساعدين – إن وجدوا-صوت واحد.

القواعد التنفيذية للمادة السابعة والخمسين:
1-  يقترح مجلس القسم، البديل عن المشرف، حال وجوده في مهمة خارج البلاد إذا كانت مدة المهمة ستزيد على ثلاثة أشهر من تاريخ تكوين لجنة المناقشة.
2-  يعدُّ البديل عن المشرف، عضواً في لجنة المناقشة من حيث الحقوق المالية، وهو مقرر اللجنة، على أن يبقى اسم المشرف الأصيل (الأساس) على غلاف الرسالة. 

القواعد التنفيذية للمادة الثامنة والخمسين:
1-     يكون تقرير لجنة المناقشة وَفْق النموذج المعد من قبل عمادة الدراسات العليا.
2-  يجوز بإجماع اللجنة التوصية بطبع الرسالة على نفقة الجامعة، بناءً على مسوغّات مقنعة، على أن تخضع لمعايير النشر في الجامعة.
3-  تحدَّد فترة استكمال أوجه النقص في الرسالة بما لا يزيد عن سنة ويتولَّى المشرف – ما أمكن – متابعة عمل الطالب.
4-  إذا قدم أحد أعضاء اللجنة مرئيات مغايرة أو تحفظات، فإنَّها تُعرَض على مجلس القسم، خلال أسبوعين من تاريخ تسلم رئيس القسم لها، لاتخاذ التوصية المناسبة، ومِن ثَمّ تُعرَضُ على مجلس الكلية، ثم على مجلس الدراسات العليا لاتخاذ القرار المناسب. 

القواعد التنفيذية للمادة التاسعة والخمسين:

1-  تتولَّى عمادة الدراسات العليا، تنفيذ الإجراءات اللازمة والمناسبة للتوصية التي يتضمنها تقرير لجنة المناقشة، وفق ما جاء في هذه اللائحة وقواعدها التنفيذية.
2-  إذا تضمن تقرير لجنة المناقشة التوصية رقم (2) من المادة (58)، يرفع رئيس القسم التوصية بمنح الدرجة في مدة لا تتجاوز أسبوعين من تاريخ تسليم الرسالة معدلة.  

القواعد التنفيذية للمادة الستين:
1-تزود الكليات عمادة الدراسات العليا، بأسماء الطلاب المتوقع تخرجهم، وأعدادهم مع كل فصل دراسي.
2-تُزوِّد عمادة الدراسات العليا، الكليات بالسجلات التعليمية للطلاب في مدة لا تتجاوز الأسبوع السادس من بدء الدراسة، لمراجعتها قبل الأسبوع العاشر من الفصل الدراسي.
3-تُعِد عمادة الدراسات العليا، التقارير النهائية لمنح الدرجة العلمية بعد اكتمال متطلبات التخرج في كل مرحلة، بما في ذلك تحديد مرتبة الشرف، وتعيدها إلى الكليات المعنية.
4-يتم عرض التقارير على مجالس الأقسام والكليات المختصة، لاتخاذ التوصيات اللازمة، ورفعها إلى عمادة الدراسات العليا.
5-تُمنَح الدرجة العلمية بقرار من مجلس الجامعة، بناءً على توصية مجلس عمادة الدراسات العليا، ومصادقة مدير الجامعة.
6-تتولَّى عمادة الدراسات العليا، إعداد وإصدار الوثائق والشهادات الرسمية للخريجين والخريجات، وحفظ صورة منها. 

القواعد التنفيذية للمادة الحادية والستين:
1- تُوزَّع المكافأة في حالة تعدد المشرفين على رسالة ماجستير أو دكتوراه، بدءاً من تسجيل الموضوع حتى تكوين لجنة المناقشة ما لم تتجاوز المدة النظامية ومدة الفرصة الإضافية – إن وجدت – وفقاً لما يلي:

أ‌. (50%) تُحتسب للمدة التي يقضيها المشرف مع الطالب بعد تسجيل الموضوع.
ب‌. (50%) تُحسب بمقدار ما أنجز من الرسالة مع كل مشرف.

2- لا يسقط حق المشرف في المكافأة المقررة إذا لم يحصل الطالب على الدرجة لأي سبب ليس المشرف طرفاً فيه، وتُحتسب المكافأة بحسب الفقرة (1).