صدر القرار السامي بإنشاء جامعة طيبه بالمدينة المنورة وذلك بضم فرعي جامعة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة والمتمثل في كليات (التربية، العلوم، علوم الحاسبات،الطب، العلوم المالية والإدارية، مع فرعي جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية المتمثل بكلية واحدة هي كلية الدعوة، وهذا يعني أن إنشاء الجامعة لم يمر عليه ثلاث سنوات تقريباً ، لكن هذا لايعني تأخر الدراسات العليا بها أو حداثتها لأن كل من الفرعين كان له باع طويل في الدراسات العليا ولذلك يمكن تقسيم العرض التاريخي لسير الدراسات العليا بالجامعة الى محورين أساسيين:
المحور الأول :
ما قبل إنشاء جامعة طيبه (1402- 1424هـ ) فقد أنشئت كلية التربية بناء على الموافقة السامية في 12/3/1397هـ لتكون نواة لجامعة علمية بالمدينة تتفق في سياستها مع الجامعات الأخرى ، وتختلف غن سياسة جارتها الجامعة الإسلامية التي تهتم بتعليم الوافدين من الدول العربية والإسلامية فكان إنشاء كلية التربية التي حوت بين جوانبها أقساماً تربوية وأدبية وعلمية ، أما عن الدراسات العليا بها فقد مر نظام الدراسات العليا بالكلية
المحور الثاني:
ما بعد إنشاء جامعة طيبه ( 1424هـ وحتى تاريخه ) وكان ذلك من خلال كليتي التربية والدعوة